La Famille monastique est composée de deux branches : la branche des moniales compte aujourd’hui 550 sœurs réparties en 29 monastères dans 15 pays. La branche des moines compte 35 frères en 3 monastères dans 3 pays.

Les deux branches, celle des moines et celle des moniales, ont un gouvernement indépendant.

Pour la branche des moniales, le 22 février 2017, sœur Emmanuel a été nommée prieure générale des moniales de Bethléem par le Dicastère pour la Vie Consacrée. Dans ce service elle est aidée par un conseil permanent de 6 sœurs également nommées par ce même Dicastère. A ce conseil participent deux assistants apostoliques, eux aussi nommés par le Dicastère : Père Jean Quris et Mère Geneviève Barrière, osb. Le conseil permanent se réunit habituellement une fois par mois au moins.
Sont membres du Conseil Permanent actuel : sœur Paola, sœur Laure-Marie, sœur Christia, sœur Liesse-Myriam, sœur Gemma et sœur Mia.

La prieure locale assure le service de l’autorité dans le monastère qui lui est confié. Elle est élue par sa communauté pour trois ans et elle peut être reconduite dans sa charge tous les trois ans par le chapitre général. La durée des mandats sera définie dans les nouvelles constitutions. La prieure est aidée dans son service par deux sœurs vicaires. Ensemble, elles forment la « triade ».

La communauté élit deux moniales-conseillères qui avec la triade constituent le conseil local.
Ensemble, la prieure et les conseillères se mettent à l’écoute de l’Esprit-Saint pour promouvoir la fidélité évangélique de la communauté dans la vie de solitude et de communion fraternelle. Il revient au conseil de préparer les réunions du chapitre du monastère et de délibérer sur les questions économiques et matérielles du monastère, comme par exemple approuver le budget prévisionnel.

Le chapitre du monastère, composé de toutes les professes perpétuelles, se réunit régulièrement afin de discerner les appels de l’Esprit Saint pour la communauté et décider des modalités de leur incarnation concrète dans la vie quotidienne. Les membres du chapitre s’expriment au moment des admissions à la profession temporaire et perpétuelle de leurs sœurs. Il revient entre-autre au chapitre local de proposer la manière de vivre la pauvreté de la communauté en tenant compte des choix effectués par le chapitre général.

La prieure locale et son conseil sont en lien vivant avec la Prieure Générale et son Conseil permanent.

Un Chapitre Général avec déléguées est prévu en 2021. Il votera les nouvelles Constitutions et élira la prieure générale et son conseil permanent.

La branche des moines de la Famille de Bethléem a un gouvernement du même type que celui des moniales mais avec quelques différences, liées en partie au plus petit nombre de frères et de monastères.

Au cours du Chapitre général des frères en octobre 2018, le texte des nouvelles Constitutions sur le gouvernement a été rédigé et approuvé. La Congrégation pour les Religieux a permis de le mettre en œuvre « ad experimentum », jusqu’à l’approbation de l’ensemble des nouvelles Constitutions encore en cours de rédaction.

Lors de cette même assemblée, composée de tous les frères profès perpétuels, Frère Jean-Baptiste a été élu pour un mandat de trois ans pour assurer le service de prieur général, sur la base du nouveau texte. Il est assisté d’un conseil de quatre frères, également élus pour trois ans par le Chapitre général.

Depuis 2017, le Père Cesare Falletti, cistercien, fondateur et ancien prieur du monastère de Pra ’d Mill, a été nommé comme assistant apostolique de la communauté des moines. Sa mission est de conseiller les frères dans le gouvernement de la communauté, et également d’accompagner spécialement le travail de la rédaction des nouvelles Constitutions.

Au service de la communion des moines et des moniales, les deux prieurs généraux assistés de leur conseil respectif forment un « Conseil de Famille », dont le rôle est purement consultatif. Ce Conseil de Famille se réunit plusieurs fois par an pour un partage autour des questions qui regardent la vie dans nos monastères et la fidélité au charisme commun aux frères et aux sœurs.